1978-2001 : La communautarisation
En 1978, alors que sa mutation n’est pas encore totalement terminée, la L.B.D.H. est contrainte de se scinder en deux pour des raisons de communautarisation du pouvoir politique et d’octroi de subsides. Deux A.S.B.L. sont donc formées sous les noms respectif de Ligue des droits de l’Homme et Liga voor Mensenrechten.
Jusqu’au début des années 80, cette séparation est symbolique, étant donné que le conseil d’administration de l’Etablissement d’Utilité Publique, sous la présidence de Marc DE KOCK, continue à se réunir de façon unifiée. Cependant, petit à petit, les deux organisations vont se dissocier et travailler de façon indépendante l’une de l’autre. Le coût est dur à supporter pour la ligue francophone amputée et délocalisée ; d’ailleurs le nombre de ses adhérents connaît une chute vertigineuse. L’association a également perdu une grande part du crédit dont elle disposait auprès des pouvoirs publics.
En 1986 la Ligue des droits de l’Homme est reprise en main par Sabine MISSISTRANO (1986-1994) qui en devient présidente. Cette dernière a un véritable projet pour cette association en déliquescence, à savoir, faire de la Ligue un acteur qui compte dans le champ social et politique belge. Pour ce faire elle n’hésite pas à s’investir totalement dans la vie de l’association tout autant physiquement et moralement que financièrement. La part de l’actualité internationale dans les activités de la Ligue est remise au goût du jour à cette époque, puisque Sabine MISSITRANO est également Vice-Présidente de la F.I.D.H. Ainsi, la Ligue va s’activer aux quatre coins du globe.
C’est d’ailleurs à l’instigation de la Ligue des droits de l’Homme que se crée en 1992 la délégation permanente de la F.I.D.H. auprès de l’Union Européenne. Au niveau national, la Ligue s’investit plus que jamais dans la lutte contre la violence institutionnelle, la discrimination à l’embauche et pour la défense des droits économiques et sociaux. Suite à la percée du Vlaams Blok aux élections de 1991, elle va mettre sur pied des Etats Généraux des droits de l’Homme. Ce projet, d’une ampleur jamais égalée, aboutit en décembre 1993, après deux ans de préparation. Il débouche certes sur plusieurs publications et la mise sur pied d’ateliers de formation, mais d’une façon générale l’énergie est retombée et on assiste à un manque d’exploitation systématique du travail accompli.
En 1994 Sabine MISSITRANO se retire en laissant une Ligue plus forte. Trois présidents se sont ensuite succédé pendant six années, tous juristes : André-Marie SERVAIS (1994-1996), Françoise TULKENS (1996-1998) et Georges-Henri BEAUTHIER (1998-2000).
En plus de toutes ses préoccupations antérieures, de nouveaux défis s’offrent à la Ligue : l’application des droits de l’Homme aux nouvelles technologies informatiques, l’intensification de la lutte pour le respect des droits économiques et sociaux, la défense de la vie privée, ou encore la bioéthique.
En 2000, Dan VAN RAEMDONCK est élu président de la Ligue des droits de l’Homme. Depuis 1954, il n’est que le deuxième non-juriste à accéder à cette fonction puisqu’il est grammairien à l’U.L.B., comme l’était le fondateur de la Ligue, Eugène MONSEUR.